Początki klasztoru żarnowieckiego sięgają roku 1240, kiedy to cystersi oliwscy zrobili fundację dla mniszek. 

ZarnowiecW bulli papieża Innocentego IV z 1245 r. skierowanej do cystersów oliwskich znajduje się zapis mówiący: „o siedzibie mniszek blisko jeziora”. Budowę murowanego kompleksu klasztornego i kościoła rozpoczęto w II poł. XIII w.

W 1589 r. klasztor, osłabiony wpływami reformacji został przekazany siostrom benedyktynkom przysłanym przez Matkę Magdalenę Mortęską z Chełmna. Wspólnota rozwijała się. Siostry prowadziły także szkołę dla dziewcząt i pracownię haftu, słynną na całe Pomorze. Z tego też czasu pochodzi barokowy wystrój kościoła fundowany przez kolejne ksienie tego klasztoru.

Po rozbiorach, w 1834 r. nastąpiła kasata klasztoru: rząd pruski zakazał przyjmowania kandydatek do nowicjatu, wyboru ksieni oraz odebrał osobowość prawną i cały majątek. Ostatnia mniszka zmarła w klasztorze w 1866 r. Potem opiekę nad kościołem przejęła parafia, a część pięter klasztoru rozebrano.

Dokładnie 80 lat po śmierci ostatniej mniszki, w 1946 r. klasztor objęła część wspólnoty benedyktynek z Wilna. Tutaj zaczęły znowu żyć swoim charyzmatem.

W 1990 r. rozpoczęto prace nad adaptacją strych na nową kaplicę, która została poświęcona w 1996 r. Kaplica umożliwia gościom uczestnictwo w modlitwach mniszek.